Neolitik dönemden Demir Çağının sonuna kadar yerleşilmiş olan höyük kültürleri sergilenmektedir. Amik ovasında yer alan Tell Kurdu, Tell Tayinat ve Tell Aççana höyük mimarilerinden esinlenerek o dönemin yapıları müze içerisine inşaa edilmiş ve bu yapılarından çıkan buluntular mekan içerisinde teşhir edilmiştir. Mimarisi canlandırılan höyükler dışında, Amik ovasındaki höyüklerden bulunan küçük buluntuların sergilendiği vitrinlerde Tell Cüdeyde, Çatalhöyük, Tabal el Akrad buluntuları ile Amik ovası dışında kalan ve kazısı yapılan höyüklerden Samandağ’da yer alan Al Mina ve Sabuniyeden çıkan küçük eserler de yer almaktadır. Salonun sonunda Dörtyol‘da bulunan Kinet Höyük mimarisi, bulunan eserleriyle birlikte görsel beğeniye sunulmuştur.